民國五十六年台北市改制為院轄市 
民國五十六年台北市改制為院轄市，適逢本會第十屆尚未期滿，陳理事長春林，順理成為改制後第一屆理事長，及至民國五十七年六月，陳春林先生再獲當選連任為改制後第二屆理事長。
當選為理事長，民國六十三年三月二十七日重獲蟬聯第四屆理事長，理監事增加為三十二人，蔡理事長熱心社會公益，為人誠懇，對促進會務之發展厥功甚偉，至民國六十六年五月二十日，又獲全體會員代表之推崇，再度當選連任第五屆理事長，至民國六十九年四月二十二日，任期屆滿卸任，改聘為本會顧問。
民國六十九年曾水照先生膺任第六屆理事長，有鑒於經常性會務應循序推進，加強會員服務更是全體理監事之職志，其為公會工作計劃中之首要任務，經過精心策劃，在理事會下設置六個委員會，分別為「業務輔導委員會」、「自強活動推行委員會」、「同業協調委員會」、「法規研究委員會」、「會訊編輯委員會」、及「藥品進出口業務委員會」，並以常務理事分別擔任各委員會督導工作，又推選理監事擔任主任委員或副主任委員，委員由主任委員提名經由公會聘請之，採分層負責方式，以期為全體會員服務，推行之後，深獲好評。民國七十二年五月九日，曾水照先生因眾望所歸，再度當選第七屆理事長，惟因曾理事長另有高就擔任台灣區製藥工業同業公會理事長，乃於民國七十四年四月十日提出辭職。經本會第七屆第一次臨時理事會於同年四月十八日通過曾理事長辭呈。
又於民國七十四年補選常務理事再行補選理事長，經選舉結果由盧章先生高票當選第七屆理事長，並於同月二十七日辦理交接事宜，繼續完成曾理事長所卸下之任務，盧理事長任勞任怨，熱心會務，獲得會員一致的肯定，終於民國七十五年五月七日改選，再度當選第八屆理事長，本會七十七年會員數最高達到2,153 家。
歷經歲月的浸洗，會館建築漸趨老舊，遂於民國七十年元月經本會理監事聯席會議通過，與建商擬議合建草案，分送全體理監事及有關顧問核閱，並提意見，聘請建築專家共同研議，並召開常務會審查妥當後定案改建，並暫遷址台北市臨沂街二十七巷十號辦公。於民國七十四年元月二十一日新會館（承德路一段8號6樓）落成遷入辦公至今。
民國七十八年五月三十日，會員代表大會改選理監事，翁柏村先生當選第九屆理事長後，使得會務蒸蒸日上，一切順利推展，所以在民國八十一年五月二十一日會員代表大會改選理監事，翁柏村先生再度高票蟬聯第十屆理事長，當時衛生署正積極修改藥商藥物管理法，由於翁理事長熱心參與，受到全國藥界的推舉，而當選中華民國西藥商業同業公會全國聯合會第二屆理事長，因此提出辭呈。
民國八十二年七月二十一日經第十屆第一次臨時理事會開會補選常務理事及理事，由許弘明先生高票當選第十屆理事長，許理事長秉持過去熱心參與會務的一貫精神，更獲得藥界推崇，在民國八十四年四月二十七日會員代表大會改選理監事時，許弘明先生再度高票蟬聯第十一屆理事長。
民國八十七年五月十四日改選理監事，徐國光先生當選第十二屆理事長，由於徐理事長積極拓展業務，會務發展有目共睹，對會員之協助卓有貢獻，因此於民國九十年五月七日改選，再度當選第十三屆理事長。
民國九十三年五月十日徐理事長任期屆滿，吳武雄先生於會員代表大會榮膺為第十四屆理事長，吳理事長任內除加強會務外，經常與台北醫學大學等相關單位合辦有學分之繼續教育課程，更進一步規劃舉辦本公會「藥事人員繼續教育系列講座」成效卓著。
九十八年十二月卅一日行政院衛生署發佈施行「藥師執業每六年須完成150 點學分之繼續教育課程，並據此辦理執業執照更新」。吳理事長即積極成立繼續教育推動小組，由常務理事擔任組長，並由組長推選理監事擔任組員，且為使會員能有舒適優質的上課環境，排除萬難整修會館，以提升學習效率；為順應潮流並提供會員更廣泛的服務，經理事會議通過架設本會網站。
民國九十九年五月五日改選，林春好先生為人誠懇，深受各界及藥業同仁一致的推崇與愛戴，當選為本會第十六屆理事長。林理事長上任後，除沿襲加強推動本會舉辦的「藥事人員繼續教育系列講座」，更強化公會的服務功能，扮演雙向溝通的角色，並致力於各項業務的推廣，使會務持續發揚光大。
第十七屆理監事選舉在全體大會代表熱情的參與及支持下，於一○二年四月二十四日順利的產生；並於五月三日非常和諧的選出常務理事、常務監事、理事長；林春好先生再度蟬聯第十七屆理事長，擔任本會大家長，隨著數位化資訊時代的來臨，林理事長春好為促進公會E 化，重整架設公會專屬網站，以利於會員得知藥界最新及時資訊，並修訂六大功能委員會分別為：「業務發展與學術教育委員會」、「自強聯誼與公共關係委員會」、「藥業經營管理行銷委員會」、「法規研究委員會」、「OTC 市場發展委員會」、「刊物資訊委員會」，視經營業務性質之不同，加強各委員會的功能，以為會員做更多更好的服務。
回顧七十年來，公會歷經創會時之農業社會、工業社會、更邁入瞬息萬變知識經濟及生物科技日漸成型之Ｅ世代，藥業先進們披荊斬棘為公會辛勤耕耘、創造公會、奠定良好根基。歷任理事長、理監事們，皆依循優良傳統，傳承前輩之成果，長期為公會默默辛勤地付出，皆盼能創新再造，強化公會功能，無論在協助政府政令宣導方面，以及扮演政府與藥界間之橋樑角色，皆不遺餘力，歷年來多次榮獲台北市政府社會局評鑑為「優等之工商暨自由職業團體」。但值此全世界經濟環境蕭條、國內藥政改革制度尚未完全成熟之際，藥業經營環境每況愈下，深盼本會在本屆梁理事長帶領下，與八大公協會能共同克服重重難關，加強與政府間溝通，為會員爭取最大的福祉而努力，使藥界商機重見（建）、藥界經營再創新契機。
民國一○五年四月十三日改選理監事承全體公推大志恢宏的梁明聖先生為本屆理事長，上任以來秉持五大核心價值：「責任、奉獻、專業、創新、效率」追求卓越，並負起拓展台灣藥業之重大責任。